病原微生物是引起纯种绿壳蛋鸡苗发生传染病的根源，当环境中病原微生物的浓度达到一定程度，鸡体的抵抗力又比较低的时候，就会引起纯种绿壳蛋鸡苗的发病。环境中微生物的来源包括各种传播媒介(如人员、动物、车辆、物品、灰尘等)以及从疫区携带过来的和本养殖场以往的死鸡和粪便、污水造成的土壤和饮水污染等。微生物在温暖、湿润、空气不流通、空气中粉尘多的环境中繁殖得很快，堆积的粪便是微生物繁殖的重要场所，死亡的鸡只体内可能存在大量的病原微生物。

      在笼养或舍内平养条件下，鸡舍内的有机物(饲料、粪便、粉尘、脱落的羽毛和皮屑等)多，温度和湿度均较高，阳光照射少，空气流通不良，这些都为微生物的繁殖提供了良好条件，使舍内空气中微生物的浓度显著高于舍外。 平养的纯种绿壳蛋鸡苗生活在网床或垫料地面上，接触到的网床和垫料中都有大量的有机物和微生物。放养的纯种绿壳蛋鸡苗活动范围大，单位面积的粪便、垫草等有机物的量少，而且土壤的消纳能力强，加上白天阳光直接照射地面和物品，环境中的微生物绝大多数都被杀灭，纯种绿壳蛋鸡苗生活中接触到的微生物数量就显著减少。这也是采用生态养鸡模式的情况下，鸡群健康状况良好的重要基础。